Utiliser l'ADN environnemental pour identifier les amphibiens des mares des lacs de Champagne

Afin d'être le plus exhaustif possible dans ses inventaires faunistiques, l'Etablissement public territorial de bassin (EPTB) Seine grands lacs a formé ses équipes à l'utilisation de l'ADN environnemental pour identifier les espèces présentes dans les milieux humides autour des lacs réservoirs de Champagne.

 

L'inventaire du réseau de mare autour des lacs réservoirs de Champagne

L’EPTB Seine Grands possède un important réseau de mares, situées en forêt, dans des prairies de hautes herbes ou encore des mares temporaires qui s’assèchent à l’été.  L’EPTB a engagé en 2015, un travail de recensement, de description de l’ensemble de ses mares. Pour chaque mare recensée, l'EPTB a noté la superficie, la profondeur, la présence de végétation, la qualité des eaux, le mode de fonctionnement hydrologique, etc.

Ces mares abritent de nombreuses espèces dont des amphibiens, souvent en voie de disparition comme le triton crêté (Triturus cristatus). Les amphibiens sont en général très discrets et il est difficile de déterminer leur présence sauf en mettant en place des dispositifs de capture ou des points d'écoute au coucher et lever du soleil. Ces techniques classiques d’inventaire ne permettent pas une exhaustivitécarcertaines espèces ne sont pas capturées.

 

L’ADN, un allié pour la connaissance

La technique de l’ADN environnemental repose sur une annalyse des échantillons d'eau de la mare. Il est donc beaucoup plus difficile de ne pas repérer une espèce car chaque individu (amphibiens, poissons, libellules…) laisse des cellules, des fragments de tissu, des cellules reproductrices ou des excréments dans son environnement. Le contenu des échantillons est séquencé et comparé à une banque de reference, ce qui permet de constituer une vision plus complète de la biodiversité animale d'un site.

La technique d'ADN environnementale présente de nombreux avantages, elle souffre aussi de limites, notamment liées au ciblage de l'ADN mitochondrial, plus abondant, qu'il convient de prendre en compte. Il est par exemple impossible d'identifier des espèces hybrides ou de distinguer les individus d’une même espèce (voire dans certains cas des espèces génétiquement proches) et d’acquérir des informations telles que le nombre d’individus présents sur un site, leur classe d’âge, leur taille, leur sexe, etc.

Prélévement de l'échantillon Recolte avant filtration Fixation de l'échantillon Expedition de l'échantillon

Les différentes étapes de l'échantillonage pour la technique ADN

Comparaison des techniques

Afin d’apprécier l’efficacité de la méthode ADN par rapport à la technique de piégeage classique, un dispositif d'évaluation a été déployé sur une mare située à proximité du lac du Der. Les deux techniques y sont mises en oeuvre pour évaluer l'efficacité relative de chacune des techniques.

La technique classique sera mise en oeuvre par l’ONCFS et la LPO, qui disposent de personnels compétents dans la récolte et la connaissance des amphibiens; la technique de l’ADN environnemental sera déployée par les agents de l’EPTB, spécialisés dans le domaine de l’eau et formés pour les prélèvements ADN par la société SPYgen en charge des analyses génétiques.

Photos : EPTB Seine Grands Lacs

 

Pour en savoir plus

Site de l'EPTB Seine Grands Lacs

Site du laboratoire SPYGEN