En 2001 dans la lignée du premier plan national en faveur des zones humides et pour accompagner les initiatives locales en faveur de la gestion durable des zones humides, 6 pôles-relais, liés aux grands types de zones humides en France métropolitaine, ont été créés :
- les marais littoraux de l'Atlantique, de la Manche et de la Mer du Nord (Forum des Marais Atlantiques),
- les lagunes méditerranéennes (Tour du Valat),
- les tourbières (Fédération des Conservatoire d'Espaces Naturels de France),
- les mares (Institut Européen du Développement Durable puis Maison de l’environnement de Seine et Marne),
- les zones humides intérieures (Fédération des Parcs naturels régionaux de France)
- et il avait été prévu qu’un pôle s’occuperait des vallées alluviales.
A ce titre, certains ont établi des conventions avec un certain nombre d’organismes et de collectivités afin de développer des actions ciblées, dans leur domaine de compétence.
En 2006, les directeurs de l’eau et de la nature et des paysages du MEDD (actuellement MEEDDM) ont sollicité l’Inspection Générale de l’Environnement (IGE) pour réaliser un audit externe des Pôles relais. L’objectif de la mission de l’IGE était de tirer des enseignements du fonctionnement des Pôles relais et des actions menées, afin de formuler des propositions pour l’avenir.
Depuis 2008, suite aux conclusions du rapport de l'IGE et à la création de l'Office National de l'Eau et des Milieux Aquatiques (ONEMA), les missions des pôles-relais "tourbières", "Lagunes Méditerranéennes" et "Marais Atlantiques" se poursuivent, avec la création d'un nouveau pôle-relais regroupant les thématiques « mares », « zones humides intérieures » et « vallées alluviales » porté par la Fédération des Parcs Naturels Régionaux de France.